1999版100元券在保留了第四套人民币较为成功的防伪技术的基础上，又采用了一些新的具有世界先进水平的防伪技术。其中大众防伪特征主要有以下几个方面:
(1)固定人像水印:在99版100元、99版50元人民币的正面左侧空白处，通过迎光透视，可以看见与主景人像相同.并具有层次丰富、立体感很强的毛泽东头像水印。
(2)红、蓝彩色纤维:从99版100元、99版50元人民币的票面空白处可以清晰地看到纸张中有红、蓝两色的短纤维。这些纤维不规则地分布在纸张中，与纸张很好地结合在一起。
(3)磁性微缩文字安全线:迎光观察可见在99版100元、99版50元人民币的正面中间偏左分别有一条带有微缩文字“RMB 100" , "RMB50"字样的磁性安全线。
(4)手工雕刻头像:正面主景均为毛泽东头像，采用具有中国传统特色的手工雕刻技术，形象逼真、传神，层次丰富，凹凸感强，具有较强的立体感和独特的艺术效果。
(5)隐性面额数字:在正面右上方有一椭圆形图案，将钞票置于与眼睛近于平行的位置，面对光源做平面旋转45度或90度角。分别可以看到面额数字“100","50”的字样，而垂直于纸面观察，则看不到数字。
(6)光变油吕面额数字:在99版100元、99版50元人民币正面左下方用新型油墨印刷有面额数字"100","50"字样，当与票面垂直角度观察其为绿色，而倾斜一定角度则变为蓝色。
(7)阴阳互补对印图案:在票面正面左下角和背面右下方各有一圆形局部图案，透光观察，正、背面图案组合成一个完整的古钱币图案。
(8)雕刻凹版印刷:票面正面毛泽东头像、中国人民银行行名、面额数字、育文面额标记及背面主景人民大会堂、汉语拼音行名、少数民族文字等均采用雕刻凹版印刷，用手指触摸有明显的凹凸感。
(9)横竖双号码:99版100元、99版50元人民币正面印有横竖双号码(均为两位冠字、八位号码)，其中横号码均为黑色，竖号码分别为蓝色和红色。
(10)胶印缩微文字:100元人民币正面上方椭圆形图案中，多处印有“RMB”和“RMB100”的缩微文字字样，50元的为“50”和“RMB50”。
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